Одељење фитосанитарне инспекције (Унутрашња фитосанитарна инспекција) обавља послове који се односе на: контролу  биља на присуство штетних организама; систематски надзор биља на присуство штетних организама који се сматрају нарочито опасним за биље; контролу здравственог стања увезеног биља за које је прописан пост-карантински надзор; службено узорковање за лабораторијска испитивања на присуство штетних организама и резидуа средстава за заштиту биља; контролу генетски модификованих организама у свим фазама производње, прераде и промета; контролу безбедности хране биљног порекла у фази примарне прозводње; контролу безбедности хране за животиње биљног у фази примарне производње; контролу производње, промета и примене средстава за заштиту биља и средстава за исхрану биља; контролу производње, дораде, промета и коришћења семена пољопривредног биља у конвенционалној и органској производњи;  контролу производње, промета и коришћења садног материјала пољопривредног биља; контролу рада пољопривредних стручних служби.